Pathobiology Research
Pathobiology Research
mjms
Medical Sciences
http://mjms.modares.ac.ir
1
admin
2538-3000
2538-5887
en
jalali
1390
12
1
gregorian
2012
3
1
14
4
online
1
fulltext
fa
بررسی پایداری DNA اشریشیا کلی روی کارت نگهداری DNA برای انجام آزمایشهای مولکولی
A Study of the Stability of Escherichia coli on DNA Banking Card (DBC) for Molecular Tests
هدف: برای نگهداری DNA میکروارگانیسمها از روشهای سنتی نگهداری در دمای پایین 4،20- و80- درجه سانتیگراد استفاده میشود. کارت DBC یک روش نوین نگهداری DNA در دمای اتاق است. پژوهش حاضر بهمنظور بررسی پایداری DNA باکتری و تعیین بهترین روش نگهداری DNA روی کارت نگهداری DNA طراحی شد.
مواد و روشها: از یک جفت آغازگر از قسمت حفاظت شده دومین 16 srRNA برای شناسایی اشریشیا کلی استفاده شد و چهار نوع مختلف نمونه باکتریایی شامل سوسپانسیون باکتری، DNA خالص باکتری به روش فنل- کلروفرم، باکتری لیز شده با بافر لیز کننده و DNA باکتری با روش جوشاندن تهیه و در روی کارت جداگانه ریخته و در دمای اتاق خشک شد. سپس در زمانهای 3 ،5 و 7 ماه پایداری DNA باکتری اشریشیا کلی با دو روش مولکولی PCR مرسوم با تعداد 1، 2، 3 دیسک (به قطر 1 میلیمتر) بهعنوان منبعی از DNA باکتری و Real-Time PCR بررسی شد.
نتایج: DNA باکتری پس از هفت ماه روی یک دیسک از کارت نگهداری DNA پایداری خود را حفظ نمود و حتی یک پانچ از دیسک بهعنوان منبع DNA کافی بود. اما نتایج بررسی حاضر نشان داد که سوسپانسیون باکتری بهترین روش نگهداری طولانی مدت DNA باکتری روی کارت نگهداری DNA است.
نتیجهگیری: در روشهای سنتی نگهداری DNA، پس از منجمد و ذوب شدن DNA کیفیت آن کاهش مییابد اما در روش کارت نگهداری DNA کیفیت DNA برای زمان طولانیتر حفظ میشود و علاوه برآن این روش مزایایی مانند آسانی در کارکردن با نمونه، قیمت پایین، تخلیص سریعتر و در نهایت کاهش آلودگی فردی و محیطی را دارد.
Objective: Traditional methods for storing microbial DNA samples use the low-temperatures of 4 °C, -20°C or -80 °C. The DBC Card is a new method of storing microbial DNA at room temperature. This study evaluates the stability and determine the best storing method of Bacterial DNA on the DBC card.
Methods: In this study, we used a pair of primers from the conserved domain of 16srRNA designed to identify Escherichia coli. Four different types of samples we prepared: i) bacterial suspension, ii) bacterial DNA extracted by the phenol – chloroform method, iii) bacterial lysate with lysis buffer and iv) bacterial DNA produced by the boiling method. All four samples were spotted on separate DBC cards and dried at room temperature. After periods of 3, 5 and 7 months, Escherichia coli samples were checked for DNA stability with two molecular techniques, conventional PCR with 1, 2 and 3 disks as a source of bacterial DNA (1 mm diameter) and Real-Time PCR.
Results: Data showed that DNA stability was maintained after 7 months on a DBC disk, even using only one disk as a DNA source. The bacterial suspension was the best method for long-term storage of Escherichia coli DNA on the DBC Card.
Conclusion: In traditional methods for storing sample, DNA quality reduces after freezing and thawing. However in the DBC method, DNA quality was maintained for a long duration. Advantages of the DBC method are easy sample handing, low cost, faster extraction, and reduced individual and environmental contamination.
سوسپانسیون باکتری,کارت نگهداری DNA,روشهای نگهداری DNA باکتری
Real-Time PCR,Real-Time PCR,DNA Banking Card (DBC),Bacteria Suspension,Storing Method of Bacterial DNA
99
107
http://mjms.modares.ac.ir/browse.php?a_code=A-30-1000-1405&slc_lang=fa&sid=30
Zahra
Shahab Movahhed
زهرا
شهاب موحد
100319475328460066850
100319475328460066850
No
Department of Microbiology, Faculty of Basic Sciences, Ghom Branch of Islamic Azad University, Ghom, Iran
گروه میکروب‏شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد قم، ایران
Sirous
Zeinali
سیروس
زینلی
100319475328460067367
100319475328460067367
No
Medical Biotechnology Research Center, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran
Kowsar Human Genetics Research Center, Tehran, Iran
مرکز بیوتکنولوژی پزشکی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران
مرکزتحقیقات ژنتیک انسانی کوثر، تهران، ایران
Mohammad Mehdi
Aslani
محمد مهدی
اصلانی
100319475328460048794
100319475328460048794
Yes
Department of Microbiology, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran
بخش میکروب‏شناسی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران