Pathobiology Research
Pathobiology Research
mjms
Medical Sciences
http://mjms.modares.ac.ir
1
admin
2538-3000
2538-5887
en
jalali
1387
3
1
gregorian
2008
6
1
10
تابستان 86-
online
1
fulltext
fa
بررسی بیان ژن اینوزین تریفسفات پیروفسفوهیدرولاز
در سلولهای K562
Study of Inosine triphosphate pyrophosphohydrolase gene expression in K562 cells
هدف: تحقیق ما بیان ژن ITPA را به عنوان یک عامل زمینهساز ایجاد اختلالات ژنتیکی مشاهده شده در این سلول ها ارزیابی شد.
مواد و روشها: برای ارزیابی بیان ژن مورد نظر از روش RT-PCR نیمه کمی استفاده و برای بررسی صحت عملکرد محصول ژن cDNAهای بهدست آمده کلون و تعیین توالی شد. پروتئینهای حاصل از cDNAها با استفاده از نرمافزارهای بیوانفورماتیکی از نظر ساختمانی پیشگویی و مقایسه شدند.
نتایج: نتایج حاصل از پیش بینی ساختمانی بیانگر آن است که mRNA جدا شده قادر به کد کردن پروتئینی است که فاقد کارایی لازم در اتصال به سوبسترا و انجام واکنش آنزیمی است. با توجه به لزوم تشکیل دایمر برای فعالیت طبیعی پروتئین، عملکرد مونومر طبیعی ITPase نیز در هنگام تشکیل هترودایمر تحت تأثیر قرار میگیرد. بنابراین بهنظر میرسد که عمل آنزیمی ITPase در سلولهایK562 طبیعی نبوده و میتوان آن را به عنوان یک عامل زمینهساز ناپایداری ژنتیکی در این سلولها در نظر گرفت.
نتیجهگیری: بررسی بیان ژن در سلولهای K562 نشان داد که در مقایسه با بیان ژن کنترل داخلیGAPDH ، ITPA بیانی در حد متوسط در این سلولها داشته و دو نوع رونوشت در این سلولها تولید میکند. یکی از آنها حاصل پردازش طبیعی hnRNA اولیه است ولی رونوشت دوم دارای یک حذف 51 نوکلئوتیدی در ناحیه کد کننده mRNA است. بهنظر میرسد که این رونوشت حاصل یک پیرایش نادر در سلول است.
Objective: The ITPA gene is responsible to remove free deaminated purine nucleotides of ITP, dITP and XTP from nucleotide pool of the cells. It seems that dysfunction in its activity, not only can increas the base substitution mutations frequency but also can works as a contrived factor to creating instability in genetic materials of the cells. There are several reports about the existence of structural and numerical genetic instability in the K562 cell genome. In this research, we examined the expression of ITPA gene as a possible contrived factor in observed genetic instability of this cell line.
Materials and Methods: To evaluate the expression of target gene semi-quantitative RT-PCR technique was used. Then to examine the functionality of gene products, its cDNAs were cloned and their sequences were determined. Their proteins products were predicted using available bioinformatics soft wares and the results were compared.
Results: The result of structural prediction of second mRNA showed that it has ability to encode a protein which has inability in substrate binding and also in its normal enzymatic activity. With regard to the fact that enzymatic activity of protein is dependent on the dimer formation, the function of hetero-dimer enzyme is changed. Therefore the catalytic activity of ITPase is predicted to be abnormal and it can be considered as a contrived factor for creating genetic instability in K562 cell line.
Conclusion: The study of gene expression showed that ITPA gene is expressed in moderate level compared to GAPDH expression as an internal control in K562 cell. Two types of transcripts were detected in this line. One of them was the normal product of splicing process of primary hnRNA, but the second one contained a 51 nucleotides deletion in the mRNA coding region. It seems, this transcript is the product of a rare splicing process in this line.
: اکسیداتیو دآمیناسیون,آسیب به DNA
ITPA,.d/ITP,Oxidative deamination,DNA damage
1
10
http://mjms.modares.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1000-6604&slc_lang=fa&sid=30
Yasamin
Danaee
یاسمن
دانایی
100319475328460066223
100319475328460066223
No
Department of Genetics, Faculty of Basic Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran
گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران
Mehrdad
Behmanesh
مهرداد
بهمنش
100319475328460066224
100319475328460066224
Yes
Department of Genetics, Faculty of Basic Sciences, Tarbiat Modares University Tehran, Iran
گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران
Majid
Sadeghizadeh
مجید
صادقیزاده
100319475328460066225
100319475328460066225
No
Department of Genetics, Faculty of Basic Sciences, Tarbiat Modares University Tehran, Iran
گروه ژنتیک، دانشکده علوم پایه، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران